Qui il consesso cittadino raggiunse, punte mai registrate prima, per cui, durante il rettorato del Sac. Giovanni Tommaso Morana (1770), si avvertì l'esigenza di ampliare e rinnovare la chiesa divenuta angusta per l'aumentato afflusso di fedeli. La pianta rettangolare fu trasformata in circolare (le sue dimensioni vogliono riprodurre la cupola della Chiesa Madre crollata nel 1893) e l'ingresso fu trasferito sulla piazzetta chiamata "Addolorata", dove attualmente si trova. Si rese quindi necessario creare una nuova abside sull'asse d'ingresso, dove si trova collocato il Simulacro dell'Addolorata, lasciando nel posto originario la primitiva cappella della "Madonna del Fulmine".
L'esecuzione dei lavori fu affidata al capo mastro Pietro Russo e i lavori, come attesta la lapide posta sul prospetto, durarono dal 1786 al 1790. In quell'anno la chiesa veniva aperta al culto e, per la devozione alimentata dai confrati della Congregazione e dallo zelo del rettore Sac. Morana verso la Madre dei Dolori, essa fu intitolata a "Maria SS. Addolorata".
Ma l'opera non era ancora del tutto completa: mancava un'immagine dell'Addolorata, che esprimesse più intensamente il suo dolore rispetto a quello esistente.
L'incarico fu affidato ad un sottufficiale in servizio presso il vicino quartiere militare; egli era abile nello scolpire il legno e proveniva dalla scuola napoletana. Il militare, di cui si ignora il nome, scolpì il volto, le mani e i piedi in legno di cipresso, mentre il Sac. Donato ne completò l'opera con la pittura, realizzando la tunica e il manto (in cartapesta), come usavano le signore del tempo.
Quel Simulacro innamorò tutti, commosse tutta la cittadinanza, perchè esprimeva abbastanza bene il dolore di una Madre che eveva perduto il suo diletto figlio, e una pietà profonda (il risultato ancora oggi è sotto i nostri occhi..., tutti possiamo ammirare in quel volto un dolore da non potersi facilmente descrivere).

Il 13 Settembre 1818 la Chiesa fu consacrata solennemente da Mons. Isidoro Spanò, Vescovo di Nemes, mentre il 10 Gennaio 1819 veniva aggregata "ad perpetuum" alla Patriarcale Basilica di S. Maria Maggiore di Roma.

Il 15 Settembre 1997 Mons. Emanuele Catarinicchia, Vescovo di Mazara del Vallo, per accrescere sempre più la devozione verso la Vergine Addolorata, ha elevato la chiesa a Santuario Mariano Diocesano, riconoscendola ufficialmente "luogo di preghiera e di culto".

Tale riconoscimento concesso dal Vescovo alla casa della Madonna vuole essere, alla luce degli avvenimenti, il compimento di un tragitto luminoso durato secoli e un dono grande che Maria ha voluto fare ai suoi devoti figli marsalesi alle soglie del terzo millennio.

I marsalesi e i pellegrini, specialmente in questo anno Giubilare incontrando nel Santuario la Vergine Madre, potranno sperimentare la potenza della preghiera.

Attraverso l'incontro silenzioso con la Madonna, essi troveranno l'occasione per aprire il loro cuore amareggiato e sfiduciato e porre ai piedi della Madre Misericordiosa il loro pesante fardello di solitudine.

Ritornando alla propria casa ed alla quotidianità della vita cristiana, avranno una speranza nuova in un domani migliore.
I N D I E T R O